Según la tradición, los padres de Apolonia no tenían decendecia a pesar de sus constantes oraciones a sus dioses. Finalmente la futura madre le pidió a la Virgen Santísima que interceda por ellos. Cuando la joven Apolonia conoció las circunstancias de su nacimiento, se hizo cristiana.
San Dionisio, obispo de Alejandría, fue testigo de la muerte de Apolonia quien era para entonces una diaconesa de edad avanzada. La describió en una carta a Fabio que fue preservada por Eusebio, obispo de Antioquía.
Estalló una persecución de los cristianos por el populacho pagano de Alejandría en el último año del reino del emperador Felipe. Los cristianos eran arrastrados fuera de sus casas y asesinados, sus propiedades saqueadas. La persecución comenzó cuando un poeta de Alejandría profetizó desastre por la presencia de los cristianos a los que consideraba impíos por no adorar a los dioses.
Se apoderaron de Apolonia y la golpearon en la cara, le tiraron todos los dientes, y después, prendiendo una gran hoguera fuera de la ciudad, la amenazaron con arrojarla dentro si no pronunciaba ciertas palabras impías. Les rogó que le dieran unos momentos de tregua, como si fuera a considerar su posición. Entonces, para dar testimonio de que su sacrificio era perfectamente voluntario, tan pronto como la dejaron libre, se lanzó dentro de las llamas.
Los perseguidores junto al gobernador quedaron atónitos al ver que a pesar del fuego, las llamas no la consumían ni le hacían daño alguno, al verlo trataron incansablemente de golpearla para que muriera, pero la mano del Altísimo la protegía. Finalmente fue degollada.
